單細胞的分離是單細胞測序領(lǐng)域的一個新嘗試,利用單細胞分離儀的應(yīng)用來篩選目的B細胞并進行測序,為發(fā)現(xiàn)新的抗體藥物邁出了重要的一步。
作為全基因組測序的一種方法,單細胞RNA測序被廣泛地應(yīng)用于單細胞水平面上來識別細胞的類型和變異狀況。利用細胞標記CD27和細胞活性染料的單細胞分離設(shè)備,能夠分離出單個活性的B細胞,從而對分離的單細胞基因狀況進行分析表達,并與靜息記憶的B細胞進行比較,可在單細胞水平研究基因表達上發(fā)現(xiàn)差異化。
在mCD40L-3T3中批量刺激人的幼稚記憶B細胞培養(yǎng)6天。采集CD27-PE和CellTrackerGreen對細胞進行染色。對PE/FITC雙陽性細胞的篩選應(yīng)用單細胞分離儀,單細胞可被分選至96孔聚合酶鏈反應(yīng)板內(nèi),在進行分離之前,4ul/孔裂解物被預(yù)先放置在聚合酶鏈式反應(yīng)板上,經(jīng)cDNA合成分析,其中百分之97為單細胞分離。
其次,通過擴大VH和VL抗體的變化區(qū)域的特異性基因或全轉(zhuǎn)錄組文庫制備的二代測序獲得序列,參照靜息記憶b細胞BCR抗體表現(xiàn)資料組進行比較分析b細胞激活基因的差異c每個孔只有一套BCR轉(zhuǎn)錄本,而通過測序分析確定VH和VL抗體的質(zhì)量充分表明只有一個細胞被分入了PCR管。
綜上所述,被分離出的單細胞的效率同時也證實了經(jīng)過預(yù)處理和設(shè)門標準所獲取的B細胞是活性的。
此外,分離出的單細胞cDNA還可應(yīng)用于隨后的單細胞轉(zhuǎn)錄組文庫制備和其免疫球蛋白輕重鏈可變區(qū)域的完整PCR。單細胞分離儀還提供了一個全新的桌面型單細胞分離平臺,能夠與下游的單細胞測序分析試驗進行無縫對接。